水生植物园分两部分，第一部分是水生植物的集中展示区，第二部分是水生植物的大面积种植区，共占地面积为15 万平方米由中科院武汉植物研究所和南京水生植物研究院规划设计，它的规划理念是以原始植被为模型，以自然界花境。